Abdülaziz Çerkes Mustafa Nuri Bey'in oğludur. Harb okulunun son sınıfında iken Jön Türkler'le ilişkisi yüzünden II. Abdülhamit tarafından Hicaz'a sürgün gönderilmiştir. Sürgünde bulunduğu zindandan kaçıp, 2. Abdülhamit'in baş yaverinin oğlunu üç tabur korumanın arasından kaçırmayı başarmıştır. Arabistan'da 2. Abdülhamit'e karşı giriştiği isyan hareketi sırasında tüm Arabistan'ı dolaşmış, yerel şeyhlerle dostluk kurmuştur. Her an her yerde ortaya çıkabildiği için kendisine şeyh-it tuyyur -uçan şeyh- denilmiştir.
II. Abdülhamit meşrutiyeti ilan etmek zorunda bırakılıp, aralarında Kuşçubaşı'nın da bulunduğu pek çok kişiye af çıkarmasıyla birlikte isyanına son vermiştir. İsyan sırasında etrafına topladığı kendisine bağlı silah arkadaşlarıyla beraber, kurulan Teşkilat-ı Mahsusa adlı istihbarat örgütüne katılmışlardır.
1911 yılında Trablusgarb'ta Enver bey ile birlikte direniş hareketlerini örgütlemiş, 1912 yılında 2. Balkan Savaşı sırasında Enver Bey, kardeşi Sami Kuşçubaşı, Cihangiroğlu İbrahim ve Süleyman Askeri ile birlikte Çorlu, Tekirdağ, Malkara, Hayrabolu ve Edirne'nin kurtarılmasında yer almıştır. Aynı yıl Süleyman Askeri ve yörenin ileri gelenleri ile beraber Batı Trakya'da ilk Türk Cumhuriyeti'nin kurulmasına katkıda bulunmuştur.
I. Dünya Savaşı'nın çıkmasıyla birlikte 1914-1915 yılları arasında Teşkilat-ı Mahsusa'nın Arap Yarımadasından sorumlu başkanı olarak görev yapmış, Süleyman Askeri Bey'in ölümünü takiben Teşkilat-ı Mahsusa başkanı olmuştur (1915-1918).
I. Dünya Savaşı sırasında İngilizler'e karşı girişilen Süveyş Kanal Harekatı'nda (1916) öncü birliklere komutanlık etmiş, Hayber'de Faysal'ın (sonradan Irak Kralı olacaktır) 20 bin kişilik birliğine karşı 40 kişilik Teşkilat-ı Mahsusa birliği ile beş saatten fazla savaştıktan sonra yaralı olarak ele geçirilmiştir (1918). Bir savaş gemisi ve bir denizaltı eşliğinde Malta'ya sürgüne gönderilmiş, sürgünlüğü sırasında Arabistan'daki macerasını, yakalanışının ve sürgün hayatının ayrıntılarını anlatan bir eser yazmıştır. Yakalandıktan sonra Lawrence'a şöyle dediği iddia edilmektedir:
- "Lawrence, kazandığını sanıyorsun. Fakat henüz hiçbir şey bitmedi. Hükümetinin başına öyle musibetler salacağım ki, 2 asır uğraşsanız bitiremeyeceksiniz."
- "Lawrence, kazandığını sanıyorsun. Fakat henüz hiçbir şey bitmedi. Hükümetinin başına öyle musibetler salacağım ki, 2 asır uğraşsanız bitiremeyeceksiniz."
İngilizler'le imzalanan esir değiş-tokuş anlaşması gereği serbest bırakılmış, deniz yoluyla Anadolu'ya dönmüştür. Malta dönüşü hemen milli mücadeleye katılmış, kendi yetiştirdiği Çerkez Ethem'le beraber Kuva-yi Seyyare'de Yunan işgaline karşı savaşmıştır (1920).
Özellikle Adapazarı civarındaki Kuva-yi Milliye başarıları ona mal edilmiştir.
Kardeşinin adı Mustafa Kemal'e düzenlenen İzmir suikastinde geçer. Anadolu Osmanlı İhtilal Komitesi'nin kurucusu olduğuna dair söylentiler de vardır.
Lozan Antlaşması'nın Temmuz-1923'de imzalanması ile, Yunan ve İngiliz işbirlikçisi olması iddiasıyla, Çerkez Ethem'le birlikte 150'likler listesinde yer almış ve vatana girişi 1936 yılına kadar yasaklanmıştır. 1936 affıyla yurda girişi serbest bırakıldığı halde "Hicbir zaman af dilemedim, hain degilim ki affedileyim." demiş ve yurda dönmemiştir.
1950'de Demokrat Parti iktidara geldikten sonra Türkiye'ye dönmüştür. Yurda dönene kadar Mısır'da İskenderiye şehrinde ikamet etmiş olup bu zaman içerisinde herhangi bir istihbarat faaliyetine katılmamış olduğu tahmin edilmektedir. 1950-1964 yılları arasında Türkiye'de yaşamış ve beraber savaştığı silah arkadaşlarının mezarlarını dolaşmıştır. 1964'te vefat etmiştir. Kabri Söke-Kuşadası(Aydın) yolu Yaylaköy Caferli Granta Mezarlığı yanındadır
